دادگاه بین‎المللی کیفری برای یوگسلاوی سابق شاهد سه بار تغییر در آیین دادرسی و ادله اثبات جرم خود بوده است که باید به آن ها تغییر دستورات صادره از سوی رئیس و مدیر دفتر را نیز اضافه نمود. اصلاحات قواعد دادرسی مصوب دسامبر ۱۹۹۸ (که از ۱۷ دسامبر ۱۹۹۸ لازم‎الاجرا شده‎اند) شامل وجوه مختلف دادرسی می‎شوند (۱۷ ماده اصلاح شده‎اند). به علاوه، برخی اصلاحات فقط در متن فرانسوی اعمال شده‎اند (به جای اصطلاح «دادخواست» اصطلاح «شکایت» قرار گرفته است). به تغییر ماده ۶ اشاره کرد که دقیقاً تغییر قواعد دادرسی است. از این پس پیش‎بینی شده است که یک اکثریت ۹ نفره از قضات برای تصویب تغییرات ضروری است این افزایش اکثریت ضرورتی است که از افزایش تعداد قضات دادگاه ناشی شده است (تعداد قضات ‌بر اساس قطعنامه شماره ۱۱۶۶ مورخ ۱۳ می ۱۹۹۸ از ۱۱ نفر به ۱۴ نفر افزایش یافته است). به علاوه، تغییرات می‎توانند با دستورات رئیس هم انجام شوند و به خصوص، تغییرات ۷ روز پس از انتشارشان لازم‎الاجرا می‎شوند (و نه فوراً به شکلی که ماده ۶ سابق پیش‎بینی کرده بود) بدون این که لطمه‎ای به حقوق متهم در محاکمات جاری وارد سازند.

تغییر ماده ۱۵ ‌در مورد رد دادرس و موانع حضور قضات (در یک پرونده) در پی تغییر ماده ۷۷ درخصوص توهین به دادگاه انجام شده است. ضمناً مطلبی نیز به ماده اخیر اضافه شده است تا پیگردها و مجازات‌های قابل اعمال بر علیه کسانی که برخلاف احضاریه دادگاه اقدام می‎کنند دقیق و مشخص شوند. همان‌ طور که ماده ۷۷ (J) پیش‎بینی می‎کند از این پس امکان درخواست تجدیدنظر از چنین تصمیماتی وجود دارد که این تجدیدنظرخواهی شامل موارد رد دادرسی یا موانع حضور قاضی (در یک پرونده) نیز می‎شود. در واقع، مورد رد دادرس صرفاً به عنوان یک فرض در دادگاه بین‎المللی کیفری برای یوگسلاوی سابق مطرح نیست؛ بلکه در ماه می ۱۹۹۸ ر قضایای کوردیچ^[۱۲۰] و سرکز^[۱۲۱] درخواست رد دادرس بر ضد قاضی جورد۱^[۱۲۲] و قاضی ریاد^[۱۲۳] ارائه شد که از سوی دادگاه مورد قبول قرار نگرفت. در سپتامبر ۱۹۹۸ در قضیه سلبیچی^[۱۲۴] درخواست رد قاضی ادیو ـ بنیتو^[۱۲۵] شد (این درخواست از سوی هیئت رئیسه دادگاه رد شد) دلیل چنین درخواستی انتصاب این قاضی به پست معاون دومی رئیس جمهوری کاستاریکا عنوان شده بود (این قاضی اعلام کرده بود که قبل از پایان محاکمه در پست جدید انجام وظیفه نخواهد کرد). در ۱۱ مارس ۱۹۹۹ درخواست دیگری ‌در مورد رد رئیس شعبه بدوی، قاضی مومبا^[۱۲۶] در قضیه فوروندزیا^[۱۲۷] تسلیم دادگاه شد که باز مورد پذیرش قرار نگرفت دلیل اصلی عدم پذیرش این بود که درخواست رد دادرس پس از صدور حکم به دادگاه ارائه شده بود. نوسازی ماده ۷۷ که در همین زمان تصویب شده است، نمی‎تواند چندان جای شگفتی داشته باشد و آن به دلیل تحولی است که در قضیه بلاسکیچ روی داد. الزام به ارائه اسناد مسأله مهمی در روند محاکمات می‎باشد و قرار ۱۲ مارس ۱۹۹۹ در قضیه کرستیچ^[۱۲۸] چنین الزامی را برای جمهوری اسرپسکا. این جمهوری از سوی صربهای بوسنی هرزه گوین در آن کشور اعلام شده بود) ایجاد می‎کند و این علی‌رغم وضعیت غیردولتی که جمهوری می‎باشد (این جمهوری به عنوان یک دولت مورد شناسایی قرار نگرفت)؛ در حالی که چنین الزام صریحی در تصمیم‎ شگفت‎انگیز ۲۳ ژوئن ۱۹۹۸ شعبه بدوی، در قضیه کواسویچ^[۱۲۹] برای سازمان‌های بین‎المللی (در این مورد سازمان امنیت و همکاری اروپا) ایجاد نشده است.

‌در مورد دستورات موقت، اگر چه تغییر ماده ۴۰ چندان زیاد نیست معذلک گستره آن وسیع می‎نماید. این ماده، در واقع، مشخص ‌کرده‌است که از این پس دادستان می‎تواند از هر دولتی تقاضای دستگیری و بازداشت مظنون و یا متهم را بنماید (این مطلب، در واقع، ‌به این ماده اضافه شده است). روشن است که دادگاه می‎خواهد تکالیفی را که دولت‌ها ‌در مورد دستگیری یا بازداشت مظنونین به عهده داشتند به متهمان نیز تسری دهد. به علاوه می‎توان این تغییر را با تغییر ماده ۵۳ ‌در مورد غیرعلنی بودن کیفرخواستها جمع نمود. در چنین چارچوبی است که بند دال (D) ‌به این ماده اضافه شده است تا به دادستان اجازه دهد که تمام یا بخشی از کیفرخواست را به مقامات یک دولت یا یک نهاد بین‎المللی ارائه دهد در صورتی که تشخیص دهد چنین کاری برای دستگیری متهم ضروری می‎باشد. ‌بنابرین‏ مسأله مورد نظر در اینجا استفاده از کلیه امکانات برای دستیابی به حداکثر کارایی می‎باشد.

مواد ۶۲ و ۶۲ تکراری ‌در مورد حضور اوّلیه متهم و کیفرخواست‌ها برای روشن نمودن امکانات بیشتر در این قلمرو به شدت تقویت شده‎اند. ماده ۶۲ بند ۳ امکانات دفاع از محکومیت یا عدم محکومیت را به تفکیک میان حق انتخاب فوری متهم و حق انتخابی که او می‎تواند در طی سی روز از تاریخ یک یا چند مورد از موارد اتهامی داشته و اجرا کند مشخص می‎:ند. ‌در مورد ماده ۶۲ تکراری بند ۲ باید گفت که این بند ضرورت «شناخت سبب» را به شروط لازم برای پذیرش کیفرخواست اضافه می‎کند. به یاد می‎آوریم که ارزش و اعتبار کیفرخواستها قبلاً به طور مفصل (به خصوص در پرونده‎های اردو مویچ^[۱۳۰] کوناراچ^[۱۳۱] از سوی دادگاه مورد بحث قرار گرفته و «شناخت سبب» شرط لازم برای اعتبار آن ها لحاظ شده است. ‌بنابرین‏ چنین تغییری بر این تحول صحه گذاشته و آن را تثبیت ‌کرده‌است. بحث ‌در مورد کیفرخواستها در مقابل دادگاه بین‎المللی برای روآندا نیز به شدت مطرح بود چون که اوّلین کیفرخواست در اوّل ماه می ۱۹۹۸ در قضیه کامباندا^[۱۳۲] مطرح شد که در این مورد دادگاه آروشا* همان راهی را طی کرد که دادگاه بین‎المللی کیفری برای یوگسلاوی در قضیه اردومویچ گشوده بود.

‌در مورد تقویت طرق اجبار و ارائه ادله، پس از تغییرات مکرر ماده ۹۱،این ماده مجوز سنگینی را برای شهادت دروغ پیش‎بینی ‌کرده‌است که هفت سال زندان و جریمه قابل توجهی می‎باشد (جریمه به پول هلند محاسبه می‎شود و نه به دلار به گونه‎ای که قبلاً پیش‎بینی شده بود). در همین راستا، ماده ۳ ـ ۹۴ در مور ادای شهادت با سوگند وضع شده است. مجموعه‎ این استراتژی، که می‎توان به آن تغییر شکلی ماده ۱۱۵ ‌در مورد ادله اضافی را نیز افزود، هدفش تقویت طرق ارائه دلیل و شهادت می‎باشد که مهمترین مسائل در هر پرونده‎ای محسوب می‎شوند.